由于冷凝水系统是一个无压系统，所以冷凝管的管径大小对冷凝水的排放有重要影响，若冷凝管管径过小，会导致沿程阻力增大使冷凝水排放不畅，若管径过大又会浪费材料。一般在设计过程中，风机盘管厂家，设计人员会依据设计手册中列出的冷凝管径与风机盘管负荷间的对应关系来确定冷凝管管径。在实际施工中须加强监理工作，防止施工单位不按施工图要求以小管径的镀锌钢管来替代，导致日后使用中冷凝水排放不畅。
在设计和施工中，要确保风机盘管的冷凝管有足够坡度。例某综合楼，风机盘管，由于营业需要，在首层与二层间设置了一个夹层，风机盘管型号，造成首层、夹层层高极低，无法满足风机盘管系统冷凝水的集中排放要求(无法保证坡度)。在施工和设计中采用了就近设置立管排水的措施，即2～3个盘管合用一个排水立管，直接排入地下室排水沟。此外，在施工中有些施工单位为图方便快捷采用聚氯乙烯软管作为冷凝管，连云港风机盘管，在管路较长时由于刚度不够而无法保证排水坡度。故一般应采用镀锌钢管，在与凝水盘相连部分采用波纹管连接。
使用风机盘管机组时必须注意的事项
(1)机组的性能要稳定，尤其是电机与风机等的连接不得松动，防止产生附加噪声。
(2)由于机组的铜管管径较小，机组的供水管上必须设置过滤器，以防止堵塞，必要时在中央机房应采取水处理措施。
(3)系统的凝结水管必须保证坡度，防止凝结水排放不畅。
(4)风机盘管的回风口应设置空气过滤器，并且要定期清洗或更换。
(5)空调水系统应设置自动排气阀，保证水系统不会产生气塞。
