洁净空调的水系统通常包括两部分：敞开式的冷却水循环水系统，密闭式的冷冻水循环水系统。敞开式的冷却水循环水系统，由于水中会溶解氧和细j、自来水中溶解的许多盐类、冷却水为敞开式的，和空气完全接触，生成生物粘泥，生物粘泥会堵塞管道及滤网等设备。综上所述，电化学腐蚀、结垢、生物粘泥是冷却水进行水处理的三大原因。
对于密闭的冷冻水循环系统而言，主要的原因就是水中溶解的氧和细j产生的腐蚀，及生物粘泥堵塞管道及滤网，则会降低水流量，导致换热效率的降低。冷凝器上的污垢每增加0.1毫米，食用油灌装车间温度，散热效率降低5-10%，机组耗电量增加8-15%。
实际工程应用中，工业洁净室一般都是采用正压维持，但对于使用有毒、有害气体或使用易燃易爆溶剂以及其他有特殊要求的生物洁净室则采用负压控制。
要想有准确的压差控制值，在洁净室空气处理机组要求要有较低的漏风率，才能有较高的控制精度。无论是电子厂房还是隔离病房、制药厂、实验动物室等，为了防止粉尘、细j扩散到其他的洁净区域，还是为了防止病毒细j的扩散引起交叉感染，洁净房间的正负压控制非常重要，准确有效的控制正负压极其关键。
室内清洁后，将系统风管运入。风管搬运过程中应注意封头的保护，风管进入现场前应进行表面清洁工作。
参加安装的工作人员需经吹淋后，穿戴无尘衣、口罩、鞋套才可进行施工。使用的工具、材料、部件要进行酒精擦洗，郑州灌装车间，无尘纸检查，符合要求后方可进入施工现场。风管管件、部件连接应边打开封头边连接，风管内做到无油污，法兰垫料应为不易老化有弹性强度的材料，并且不得直缝拼接。安装后开口末端仍要保持封口状态。
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