首先，要解决的是MES可能会与哪些系统发生关系？通常而言，与MES会发生紧密关系的系统有ERP、SCM、PDM、自动化设备，电子，此外还有QIS、EMS、eHR、安全管理等。
其次，分清楚各种系统所擅长的功能，以EAM为例：MES侧重的是设备状态管理、设备维修管理、设备能力、设备使用等管理，而EAM则可实现对设备的全生命周期进行管理，电子元器件MES系统，包括设备采购、设备维修、设备跟踪、设备处理等。
再次，对于系统之间的关系进行切割（划清系统边界）：例如让EAM侧重于设备资料、设备维修等方面的管理，MES侧重于设备实时状态、运行效率等方面的管理。
最后，划清系统边界后，电子行业解决方案，考虑清楚系统间集成的方式。
经过分析，由于历史等诸多原因，必然会存在切割不清晰的地方，若暂时允许双系统共存的，就要考虑好数据的一致性问题，并且明确切换的时间表。
MES的实施阶段划分的思路是：在集成的前提下实现可视化，在可视化的基础上实现精细化，在精细化的前提下实现均衡化。
企业在实施MES系统时存在以下共性难点：
1.知识短板，形成心理障碍 2.前期信息化实施矛盾集中体现
3.个性强，涉及企业最核心业务
因为MES的实施必然会涉及制造企业最核心的业务——生产，而且个性化非常强，因此企业在实施MES的时候慎之又慎，往往会采取保守策略，毕竟生产线是经不起折腾的。
4.系统庞大，谁先谁后缺乏认识
MES是一个庞大系统，电子行业MES哪家好，模块与模块之间的逻辑关系如何？先实施哪块，后实施哪块？实施的前提是什么？是非常复杂的。
5.与ERP等系统之间边界不清晰
MES在功能的描述上很多与ERP一样，在功能上也存在一定的重叠、交叉，那么MES真正的内涵、外延如何？与ERP之间的边界如何界定？如果没有对ERP和MES有深入的研究，是很难界定的。
6.供应商关注重点各不相同
各MES解决供应商因为进入该领域的背景不同，其关注点也不相同。很多功能似乎都是企业需要的，但如何选择到能真正适合自己的，给企业选型决策带来了困难。
因此，企业在实施MES之前，必须结合生产特点、管理要求，形成规范的MES需求，在此基础上指导实施和应用。
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