洁净厂房的建筑布局上一般在厂房外设置一环形密封走廊。它使洁净区与外界有了一个缓冲地带。能够防止外界污染同时也相对节能。厂房内门窗宜于内墙面平整，不设置窗台。外窗的层数设置和结构形式要充分考虑对空气水分的密封，洁净室等级，使污染粒子不易从外部渗入。
地面应用平整，无缝隙，耐磨耐腐蚀，不易集聚静电的，便于清理的整体地面。设计中可以采用现浇水磨石地面，所用石子直径应在之间。其中分隔条必须采用铜条分隔，不得采用玻璃条。墙面应光滑、平整不起尘，洁净室，耐腐蚀，色彩和谐，便于识别污染物，内墙涂料必须采用防霉、防静电、避免眩光并能耐受清洗和消毒的材料涂刷。墙面与地面相交处宜做半径毫米的圆弧，以减少灰尘积聚和便于清洁。
洁净厂房为了保证室内清洁，所有送风管，灯具必须布置在技术夹层里。现在大多数制药企业采用彩钢夹心板密封吊顶。彩钢夹心板具有重量轻，整体强度大，整体性好，保温隔热发尘小等特点，比较适用于生产厂房。但是吊顶的固定必须于结构主体相连，不能与设备，管线支架混用。
洁净厂房的特点
(一)洁净室建造投资大
一般垂直单向流的洁净室，主要包括室以下几部分：家内装修部分， 如墙面、顶面、地面、门、窗等；空调净化系统，包括制冷空调设备和管道配件、净化设备和配件等;消毒打菌系统；其它配套设施，如废水治理设备和管道、消防系统、供配电系统和自控系统，真空清扫系统等等。
(二)洁净室运行费用大洁净室根据净化级别不同，什么叫洁净室，净化送风量大、新风量也大及温湿度都有相应的要求，洁净室，因此空气热湿处理和空气输配的能量消耗大，耗电多，运行费用贵。
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