洁净空调的水系统通常包括两部分：敞开式的冷却水循环水系统，密闭式的冷冻水循环水系统。敞开式的冷却水循环水系统，由于水中会溶解氧和细菌、自来水中溶解的许多盐类、冷却水为敞开式的，和空气完全接触，无尘车间，生成生物粘泥，生物粘泥会堵塞管道及滤网等设备。综上所述，电化学腐蚀、结垢、生物粘泥是冷却水进行水处理的三大原因。
对于密闭的冷冻水循环系统而言，主要的原因就是水中溶解的氧和细菌产生的腐蚀，无尘车间制度，及生物粘泥堵塞管道及滤网，则会降低水流量，1万级无尘车间，导致换热效率的降低。冷凝器上的污垢每增加0.1毫米，散热效率降低5-10%，机组耗电量增加8-15%。
食品行业无尘车间说明：
食品/饮料无菌洁净车间应该能与外界隔离，不能穿行或受其他因素干扰。食品/饮料无菌洁净车间的大小依需要而定，一般由更衣间、缓冲间、风淋室和操作间组成。更衣间放在外，主要供更换衣帽、鞋子等；缓冲间位于更衣间与风淋室之间，也可同时和几个操作间相通；操作间放在内间，主要供产品灌装，房间应不受日光直射，大小适当，高度适宜(具体根据生产设备的高度确定)。房间过大，清扫和消毒不便；过小，操作不便；顶部过高会影响紫外线的有效灭菌效果。墙壁应光滑无死角，以便清洗和消毒。食品/饮料无菌洁净车间应为密闭式并保持车间静压差为正压，设置空气消毒用的紫外线灯、空气过滤净化器和恒温装置。
食品行业无尘车间建筑平面布置说明：
建筑平面设置应该属建筑专业的专业范畴，但由于食品/饮料无菌洁净车间要求人、物分流，并要保持各洁净操作间的静压梯度，因此，该工程中建筑平面要求具备以下几点：
1、各净化操作间集中设置独立前室为气闸，气闸室与各操作间同时相通，确保低洁净区的空气不向高洁净区渗透。
2、实验室的人群经过更衣室更衣换鞋→清洗间洗手→缓冲间→风淋室→各操作室。
3、食品/饮料无菌洁净车间物流由外走廊经过机械连锁自消毒传递窗消毒后进入缓冲走廊后再经过传递窗进入各操作室。
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