洁净厂房的建筑布局上一般在厂房外设置一环形密封走廊。它使洁净区与外界有了一个缓冲地带。能够防止外界污染同时也相对节能。厂房内门窗宜于内墙面平整，不设置窗台。外窗的层数设置和结构形式要充分考虑对空气水分的密封，使污染粒子不易从外部渗入。
地面应用平整，无缝隙，耐磨耐腐蚀，不易集聚静电的，便于清理的整体地面。设计中可以采用现浇水磨石地面，所用石子直径应在之间。其中分隔条必须采用铜条分隔，不得采用玻璃条。墙面应光滑、平整不起尘，耐腐蚀，色彩和谐，便于识别污染物，内墙涂料必须采用防霉、防静电、避免眩光并能耐受清洗和消毒的材料涂刷。墙面与地面相交处宜做半径毫米的圆弧，以减少灰尘积聚和便于清洁。
洁净厂房为了保证室内清洁，所有送风管，灯具必须布置在技术夹层里。现在大多数制药企业采用彩钢夹心板密封吊顶。彩钢夹心板具有重量轻，整体强度大，整体性好，保温隔热发尘小等特点，比较适用于生产厂房。但是吊顶的固定必须于结构主体相连，不能与设备，管线支架混用。
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一：满足生产工艺对建筑设计的要求，实现高性能的制造空间与设施
在对工业净化厂房进行总图纸设计、平面布置、剖面设计时必须充分的考虑场地的合理利用和满足工艺生产的要求。 在对净化室的建筑进行设计时，必须处理好净化区域与其相关辅助区域的关系
二：实现能够经济运行的设施，节约能源、易于维护、降低造价
在对洁净室的建筑进行设计时，必须对生产工艺、净化空调以及公用动力设施的空间组成进行有效利用，做到面积省、减少能量消耗和纺织污染或交叉污染等。净化室建筑设计，无尘车间，必须确保净化室内清洁、易清扫，防止内外污染，无尘车间产品，防止微粒生产滞留和积存。
三：应使用可靠性能高的运行设施
净化室建筑设计，应确保建筑设备安全运行，万级无尘车间设计安装，当一旦出现事故后，确保人员、财产安全。主体结构应具备同洁净室内的工艺装备水平，建筑处理和转世水平相适应的等级水平，净化厂房的耐久性，耐火能力，装修应与装备水平相互协调，使长期发挥作用。
四：应实现能够适应将来的变化的设施
净化厂房的建筑平面和空间布局应具备有灵活性，为生产工艺的调整创造条件。 主体结构宜采用大空间及大跨度柱网，不应采用内墙承重体系。这样在不增加面积、高度的情况下，就可以进行工艺和生产设备调整。
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