海洋动物的养护和医疗也是海洋馆工程要考虑的必备设施，对不同的动物和不同的疾病，养护池必须分隔，甚至设单独隔离池。动物医院位置很重要，既要保持对海洋馆的隔离，又要方便快捷。为此，必须在动物展示和表演、养护、医疗三个区域间，设置地下的通道，对通道内水体的循环、标高、水质进行合理的设计、配置。 动物的展示需要大量的透明体材料，亚克力，该材料既要透光性好、清晰、变形小，又要能承受巨大的水体压力。墙壁式、筒体式的海洋动物展示体，一般有二三层楼的高度，亚克力板，巨大的水体压力，要求将展示体壁厚做到0.5m以上，普通的玻璃既重又不安全，所以海洋馆内普遍使用亚力克。 海洋馆建筑的空间处理，要根据海洋馆的温度、湿度、通风等物理功能要求，亚克力鱼缸批发，确定各区域不同的层高变化；为了保证海洋动物的日照时间，还要合理设置屋顶的开启和采光，而这往往与室内温度、湿度的处理是矛盾的。这部分的机械动作，完全由计算机自动控制。
鱼缸里的水会因鱼类的粪便、食物残渣、水草腐叶而受到污染。在人们想象中将水中看得见的悬浮物过滤掉，使水保持清澈透明就已达到目的，其实这仅仅只是过滤的初级功能，我们通常称之为机械过滤。现代的观赏鱼缸过滤应是同时具有机械过滤和生物过滤，有时还需要物理过滤。其中尤为重要的是生物过滤。所谓生物过滤，就是通过附着在滤材上的细菌，将溶解在水中的有害物质分解或转化为无害物质。物理过滤则是利用某些材料特有的吸附功能使水净化。物理过滤只在特殊情况下短时间使用，如为了去除水中的剩余药剂等。
