净化系统末级过滤器一般采用高效过滤器或亚高效过滤器。按我国标准规定高效过滤器效率分四档：A类为≥99.9%，30万级无尘室，B类为≥99.9%，C类为≥99.999%，D类为(对≥0.1μ m粒子)≥99.999%(亦称超高效过滤器)；亚高效过滤器为(对≥0.5μm粒子)95~99.9%。效率越高，过滤器的价格也越贵。
所以选择过滤器时应本着既要满足送风洁净度要求，又要考虑经济合理。从洁净度要求考虑，以低级别洁净室选用低性能过滤器、高级别洁净室选用高性能过滤器为原则。一般说来：100万级可选用高中效过滤器；低于1万级可选用亚高效或A类高效过滤器；1万~100级选用B类过滤器；100~1级选用C类过滤器。这里每个洁净度级别似乎都有两类过滤器可供选择，选择高性能的还是低性能的，要视具体情况而定
要保证送风洁净度，仅有合格的过滤器是不够的，万级无尘室，还要保证：a.运输、安装过程不损坏过滤器；b.安装严密。要做到第a，则要求施工安装人员训练有素，既要有安装净化系统方面的知识，又要具备较熟练的安装技能，否则将难以保证不损坏过滤器，这方面是有深刻教训的。
其次，安装严密性问题，主要取决于安装结构型式优劣，设计手册一般推荐：对于单个过滤器采用明装型式，昆山无尘室，这样即便发生渗漏，也不致漏到室内；采用成品高效送风口，严密性也比较容易得到保证。
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