新三板
全国股份转让系统与证券交易所的主要区别在于：一是服务对象不同。《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》(以下简称《国务院决定》)明确了全国股份转让系统的定位主要是为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。这类企业普遍规模较小，尚未形成稳定的盈利模式。在准入条件上，不设财务门槛，申请挂牌的公司可以尚未盈利，只要股权结构清晰、经营合法规范、公司治理健全、业务明确并履行信息披露义务的股份公司均可以经主办券商推荐申请在全国股份转让系统挂牌；二是投资者群体不同。
新三板
三板市场起源于2001年“股权代办转让系统”，新三板，最早承接两网公司和退市公司，称为“旧三板”。[2]
2006年，新三板形势大好，中关村科技园区非上市股份公司进入代办转让系统进行股份报价转让，称为“新三板”。随着新三板市场的逐步完善，新三板新政策，我国将逐步形成由主板、创业板、场外柜台交易网络和产权市场在内的多层次资本市场体系。新三板与老三板最-大的不同是配对成交，设置30%幅度，超过此幅度要公开买卖双方信息。
