洁净空调的水系统通常包括两部分：敞开式的冷却水循环水系统，昆山灌装洁净车间，密闭式的冷冻水循环水系统。敞开式的冷却水循环水系统，由于水中会溶解氧和细菌、自来水中溶解的许多盐类、冷却水为敞开式的，扬州灌装洁净车间，和空气完全接触，生成生物粘泥，生物粘泥会堵塞管道及滤网等设备。综上所述，电化学腐蚀、结垢、生物粘泥是冷却水进行水处理的三大原因。
对于密闭的冷冻水循环系统而言，主要的原因就是水中溶解的氧和细菌产生的腐蚀，及生物粘泥堵塞管道及滤网，则会降低水流量，导致换热效率的降低。冷凝器上的污垢每增加0.1毫米，灌装洁净车间，散热效率降低5-10%，杭州灌装洁净车间，机组耗电量增加8-15%。
净化系统末级过滤器一般采用高效过滤器或亚高效过滤器。按我国标准规定高效过滤器效率分四档：A类为≥99.9%，B类为≥99.9%，C类为≥99.999%，D类为(对≥0.1μ m粒子)≥99.999%(亦称超高效过滤器)；亚高效过滤器为(对≥0.5μm粒子)95~99.9%。效率越高，过滤器的价格也越贵。
所以选择过滤器时应本着既要满足送风洁净度要求，又要考虑经济合理。从洁净度要求考虑，以低级别洁净室选用低性能过滤器、高级别洁净室选用高性能过滤器为原则。一般说来：100万级可选用高中效过滤器；低于1万级可选用亚高效或A类高效过滤器；1万~100级选用B类过滤器；100~1级选用C类过滤器。这里每个洁净度级别似乎都有两类过滤器可供选择，选择高性能的还是低性能的，要视具体情况而定
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