洁净厂房的建筑布局上一般在厂房外设置一环形密封走廊。它使洁净区与外界有了一个缓冲地带。能够防止外界污染同时也相对节能。厂房内门窗宜于内墙面平整，不设置窗台。外窗的层数设置和结构形式要充分考虑对空气水分的密封，使污染粒子不易从外部渗入。
地面应用平整，无缝隙，耐磨耐腐蚀，不易集聚静电的，便于清理的整体地面。设计中可以采用现浇水磨石地面，所用石子直径应在之间。其中分隔条必须采用铜条分隔，盐城食品无尘车间，不得采用玻璃条。墙面应光滑、平整不起尘，耐腐蚀，色彩和谐，便于识别污染物，内墙涂料必须采用防霉、防静电、避免眩光并能耐受清洗和消毒的材料涂刷。墙面与地面相交处宜做半径毫米的圆弧，以减少灰尘积聚和便于清洁。
洁净厂房为了保证室内清洁，食品无尘车间，所有送风管，灯具必须布置在技术夹层里。现在大多数制药企业采用彩钢夹心板密封吊顶。彩钢夹心板具有重量轻，上海食品无尘车间，整体强度大，常熟食品无尘车间，整体性好，保温隔热发尘小等特点，比较适用于生产厂房。但是吊顶的固定必须于结构主体相连，不能与设备，管线支架混用。
洁净区内表面平整光滑，无裂缝，接口严密，无颗粒脱落，防霉、防静电、避免眩光并能耐受清洗和消毒，墙壁与地面的交界处采用弧形收尾，以减少灰尘积聚，便于清洁，洁净室区的门、窗造型要简单、平整、不易积尘、易于清洗，门框不应设门槛；洁净室门、窗、隔断等装修材料不得使用木制品，洁净室的窗户、天棚、及进入室内的管道风口、灯具与墙壁或天花板的联接处均应密封；
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