细胞培养中，主要从以下几个方面来预防支原体的污染：控制环境污染；严格实验操作；细胞培养基和器材要保证无菌；在细胞培养基中加入适量的抗生素。
支原体污染细胞后，特别是重要的细胞株，有必要清除支原体，常用方法有抗生素处理、抗血清处理、抗生素加抗血清和补体联合处理。支原体最突出的结构特征是没有细胞壁，细胞培养供应，一般来讲，对作用于细胞壁生物合成的抗生素，如 -内酰胺类、万古霉素等完全不敏感；对多粘菌素（polymycin）、利福平、磺胺药物普遍耐药。对支原体最有抑制活性及常用于支原体感染治，疗的抗生素是四环素类、大环内酯类及一些氟喹诺酮；其他类抗生素如氨基糖苷类、氯霉素对支原体有较小抑制作用，所以常不用来作为支原体感染的化学治，细胞培养，疗剂。
培养容器应该以什么速度旋转？
这取决于细胞聚合体的直径。当容器转动时，细胞聚合体加速，直到他们到达沉积速度，而该速度取决于细胞聚合体的大小。根据斯托克斯方程，沉降速率随着细胞聚合体半径的平方而增加。因此，随着聚合体体积上的增加，它们沉降的更迅速，同时为了防止细胞聚合体与培养壁的碰撞有必要增加旋转速度。因此，一开始可能以慢速旋转培养，例如7rpm，当细胞聚合体在体积上增长并且变得可见，再增加旋转的速度。
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