洁净空调的水系统通常包括两部分：敞开式的冷却水循环水系统，密闭式的冷冻水循环水系统。敞开式的冷却水循环水系统，由于水中会溶解氧和细菌、自来水中溶解的许多盐类、冷却水为敞开式的，和空气完全接触，饮料车间空气净化器，生成生物粘泥，饮料车间净化，生物粘泥会堵塞管道及滤网等设备。综上所述，电化学腐蚀、结垢、生物粘泥是冷却水进行水处理的三大原因。
对于密闭的冷冻水循环系统而言，主要的原因就是水中溶解的氧和细菌产生的腐蚀，饮料车间设备流程图，及生物粘泥堵塞管道及滤网，则会降低水流量，导致换热效率的降低。冷凝器上的污垢每增加0.1毫米，散热效率降低5-10%，机组耗电量增加8-15%。
洁净厂房的平面布置应合理安排洁净生产区、辅助区和动力区，并应符合下列要求 1、洁净室（区）人员净化、物料净化和各种辅助永房，应合理分区布置。2、生产工艺或生产设备有特殊要求时，宜分隔为单独的房间。3、生产过程中排放腐蚀性气体的生产设备或生产工序应分类、集中布置或与其他生产房间分隔。
4、发热量、发尘量大的生产工序或生产设备，宜与空气洁净度要求严格的房间分隔布置。5、洁净室（区）的辅助设备、维修间等技术支持区，饮料车间，宜集中布置在洁净室（区）的相邻房间，技术支持区的空气洁净度等级应低于洁净室（区）的等级。6、若需在洁净室（区）内设置洁净电梯时，应采用气闸间、洁净送风措施。7、应符合有关防爆、防火、消防等要求。
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