净化系统末级过滤器一般采用高效过滤器或亚高效过滤器。按我国标准规定高效过滤器效率分四档：A类为≥99.9%，B类为≥99.9%，洁净室安装工程，C类为≥99.999%，D类为(对≥0.1μ m粒子)≥99.999%(亦称超高效过滤器)；亚高效过滤器为(对≥0.5μm粒子)95~99.9%。效率越高，过滤器的价格也越贵。
所以选择过滤器时应本着既要满足送风洁净度要求，洁净室安装设计，又要考虑经济合理。从洁净度要求考虑，以低级别洁净室选用低性能过滤器、高级别洁净室选用高性能过滤器为原则。一般说来：100万级可选用高中效过滤器；低于1万级可选用亚高效或A类高效过滤器；1万~100级选用B类过滤器；100~1级选用C类过滤器。这里每个洁净度级别似乎都有两类过滤器可供选择，洁净室安装，选择高性能的还是低性能的，要视具体情况而定
安装前的准备。洁净空调系统安装前必须按照洁净室主要施工程序制定进度计划，计划必须与其他专业相协调，并且应严格按照计划实施。
洁净空调系统安装首先必须在建筑专业（包括地面、墙面、楼板）油漆、吸声、高架地板等方面完成后进行。安装前在室内完成风管定位、吊点安装等工作，并对吊点安装时损坏的墙壁面、楼板进行补漆处理。
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